Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.

Vývoj lesa v holocénu.

V  nejmladší fázi pozdní doby ledové se Třeboňsko zřejmě podobalo stepotundře, která se dnes rozkládá na  severu Skandinávie. Chladné a  suché podnebí zde vytvořilo téměř bezlesou krajinu jen se  skupinami nízkých borovic, bříz a  keřových vrb podél vod. S  postupným oteplováním (cca 9.000 let př.  n.  l. ) a  zvlhčováním klimatu se objevily rozsáhlejší světlé borové lesy s  břízou a  osikou. Kolem močálů a  jezer přibývalo rostlin (rašeliník, vachta, zábělník, ostřice, rákos). Jejich zbytky se ukládaly do  vrstev rašeliny. S  ukončením posledního studeného klimatického výkyvu v  období dryasu (8.000 let př. n. l.) a  začátkem preboreálu lesů stále přibývalo, na  rašeliništích rostla bříza trpasličí (Betula nana), jejíž lístky nacházíme dodnes na  Červeném blatu v  rašelinných vrstvách 4  -  5  m hlubokých.  V  období boreálu (do  5.000 let př.  n.  l. ) se silně oteplilo a  téměř celé Třeboňsko (kromě rašelinišť) se  pokrylo souvislými borovými lesy. Začaly se  objevovat listnáče - lísky, dub, jilm, lípa, jasan, na  zamokřených místech smrk a  olše. 
Největšího zalesnění dosáhlo Třeboňsko v  období klimatického optima v  atlantiku (do  2.500 let př.  n.  l. ). Vysoké vodní srážky a  optimální teplota podporovaly rozvoj smrkových porostů a  listnatých lužních lesů podél Lužnice a  Nežárky. Část ploch byla pokryta smíšenými doubravami s  lípou, jilmy a  javory. Asi v  době 4.000 let př.  n.  l.  dorazil na  Třeboňsko buk a  později v  období subboreálu (2.500 - 800 let př. n. l.) jedle, obě dřeviny asi z  jihu z  tzv. rakouského Waldviertelu. Dařilo se jim a  přechodně vytlačily ostatní dřeviny. Ve starším subatlantiku (800 let př.  n.  l.  - 13. století n.  l. ) bylo Třeboňsko pokryto hustými jehličnatými lesy s  naprostou převahou jedle, tzv. Černým neboli Hercynským lesem, kterého se tolik obávaly římské legie. Rašeliniště zarostla borovicí blatkou. Smíšené lesy s  buky více převládaly na  hornatých obvodech pánve. Toto složení lesa vytrvalo až do  období středověké kolonizace ve  12.  - 14.  století. Do  rašelinných pylových usazenin se vtrousila první pylová zrna polních plevelů a  obilí, která svědčí o  přeměně lesních ploch na  zemědělskou půdu.