Biosférická rezervace UNESCO

Třeboňsko bylo vyhlášeno jako biosférická rezervace v rámci programu Člověk a biosféra (MAB) UNESCO již v roce 1977.

Je jednou ze  šesti biosférických rezervací České republiky. Biosférické rezervace UNESCO představují reprezentativní ukázky přírodních krajin, ve  kterých zároveň hraje důležitou roli člověk a jeho aktivity.  Biosférická rezervace Třeboňsko má  svoji hranici totožnou s chráněnou krajinnou oblastí.

Z titulu biosférické rezervace neplyne území přímý ekonomický užitek, ale tento statut mu  přináší vyšší prestiž a  atraktivitu pro  návštěvníky, zajímavé kontakty, zapojení do  mezinárodních projektů i větší šanci na  úspěch v dotačních programech.

Mokřady mezinárodního významu

V CHKO Třeboňsko se nacházejí dvě území zařazena na  seznam mokřadů mezinárodního významu.

Na  seznam mokřadů chráněných Ramsarskou konvencí  byly po  připojení naší republiky ke  konvenci v r. 1990 jako první zařazeny zaneseny Třeboňské rybníky a následně v r. 1993 i Třeboňské rašeliniště do  té  doby dočasně statut kandidáta.

Ramsarské území Třeboňské rybníky má  rozlohu 10 165 ha, z toho vlastní rybníky zaujímají 5 289 ha a  představují 70% rybníků na  Třeboňsku. Do mokřadů mezinárodního významu je zahrnuto celkem 159 rybníků s rozlohou od 1 do 420 ha a biotopy na  ně bezprostředně navazující. Jedná se  o mokřady v převážné většině vzniklé lidskou činností  - rybníky, mokré louky, olšiny, vrbiny, rákosiny, ostřicové louky, rašeliniště ve  výtopách rybníků. Území splňuje kritérium Ramsarské konvence svým významem pro  vodní ptáky nejen jako hnízdiště, ale především jako tahová zastávka.

Ramsarské území Třeboňské rašeliniště má  rozlohu 1 100 ha a  tvoří je území navzájem nesouvisejících přechodových rašelinišť porostlých převážně lesem. Centrum tří lokalit tvoří přirozené, místy až  pralesovité porosty borovice blatky s bohatým podrostem rojovníku bahenního. Důvodem zařazení území na  seznam Ramsarské konvence byla skutečnost, že  se jedná o unikátní ostrovní ekosystémy s výskytem mnoha chráněných a  ohrožených druhů rostlin a živočichů.

IBAs - Evropsky významná území

Třeboňsko je mezinárodní organizací Birdlife International klasifikováno jako tzv. Important Bird Areas (IBAs) - Evropsky významná ptačí území. Rybniční, mokřadní a lesnatá krajina Třeboňska má výborné podmínky zejména pro  vodní ptáky a ptáky lesů. Trvale zde hnízdí některé významné a ohrožené druhy, jako je např. orel mořský, rybák obecný, hohol severní, kvakoš noční, lesní sovy (sýc rousný, kulíšek nejmenší, čáp černý, lelek lesní apod.). 

Pro řadu tažných druhů je Třeboňsko důležitou zastávkou na  migrační cestě, nalézají zde dobré možnosti odpočinku a potravní zdroje pro doplnění sil. To  je případ severských populací vzácnějších druhů kachen (lžičák pestrý, zrzohlávka rudozobá), hus nebo různých druhů bahňáků (jespáci, kulíci, vodouši). Pro některé místní druhy je oblast pravidelným shromaždištěm před obdobím tahu (např. husa divoká). Třeboňsko je tradiční oblastí ornitologického výzkumu, zejména zaměřeného na  vodní ptáky. V národní přírodní rezervaci Velký a Malý Tisý se nachází terénní stanice Národního muzea a v území probíhá pravidelný monitoring ptáků i výzkumné projekty několika pracovišť vysokých škol.