Územní systém ekologické stability (dále ÚSES) je podle § 3 zákona o ochraně přírody a krajiny vzájemně propojený soubor přirozených i pozměněných, avšak přírodě blízkých ekosystémů, které udržují přírodní rovnováhu.

Hlavním smyslem ÚSES je působit jako základní prvek ekologické sítě, posílit ekologickou stabilitu krajiny zachováním nebo obnovením stabilních ekosystémů a jejich vzájemných vazeb. Cílem územních systémů ekologické stability je zejména:  

  • vytvoření sítě relativně ekologicky stabilních území ovlivňujících příznivě okolní, ekologicky méně stabilní, krajinu,
  • zachování či znovuobnovení přirozeného genofondu krajiny,
  • zachování či podpoření rozmanitosti původních biologických druhů a jejich společenstev (biodiversity).

Vytváření územního systému ekologické stability je podle zákona o ochraně přírody a krajiny veřejným zájmem, na kterém se podílejí vlastníci pozemků, obce i stát.

V CHKO Třeboňsko je možno stávající kostru ekologické stability krajiny ve srovnání s jinými oblastmi České republiky hodnotit celkově jako vyhovující, což je dáno vysokou lesnatostí a celkově značným podílem přirozených a přírodě blízkých biotopů (rašeliniště, mokřady, vlhké louky, rybniční litorály, biotopy říčních niv atd.).

Jako téměř optimální lze charakterizovat kostru ekologické stability krajiny v jižní části CHKO, zatímco v severní části CHKO jsou v krajině stále patrné následky intenzivního zemědělského hospodaření v 60.–80. letech 20. století (zcelení pozemků do nadměrně velkých monotónních bloků, plošné meliorace, rozorání luk, likvidace rozptýlené zeleně, napřímení nebo likvidace drobných vodních toků, plošná eutrofizace a ruderalizace). 

Na území CHKO Třeboňsko jsou vymezena celkem tři nadregionální biocentra: č. 38 Stará řeka, č. 39 Červené blato a č. 2006 Rašeliniště Ruda – Horusický rybník. Těsně při východním okraji CHKO je vymezeno nadregionální biocentrum č. 56 – Vojířov (území Ptačí oblasti Třeboňsko), které do území CHKO zasahuje jen malým výběžkem (část nivy Kostěnického potoka). Územím CHKO Třeboňsko probíhají čtyři nadregionální biokoridory.

Dále se zde nachází 21 regionálních biocenter (Hranice, Žofinka, Halámky, Příbrazské rašeliniště, Maršovina, Lužnice pod Suchdolem, Zajíc, Široké blato, Dračice, Cep, Hrádeček, U Lapiců, Kočičí vrch, Pávek, Hamr, v Panských, Rod, Píska, U Vilemínky, Veselské pískovny, Na Planinkách), 29 regionálních biokoridorů a několik set dalších skladebných částí nižší úrovně.

Správa CHKO realizovala průběžně řadu drobných opatření majících za cíl zlepšení funkčnosti významných skladebných částí ÚSES. Tato opatření byla financována jako součást managementu MZCHÚ nebo samostatné akce z PPK. Jedná se např. o tato opatření: 

  • obnova biodiverzity mokřadů v NRBC Stará řeka a v trase NRBK Lužnice (obnova tůní, lagun a slepých ramen v inundaci Lužnice a Nové řeky), opatření k regeneraci rákosin a obnově mokřadů na rybníce Velký Tisý, vybudování tůní ve výtopě rybníka Rožmberk, obnova biodiverzity a údržba mokřadů v BC Staré jezero, Rod, Lužnice pod Suchdolem, Veselské pískovny)  
  • nadstandardní výsadby melioračních a zpevňujících dřevin v lesních biocentrech (RBC Nadějov, NRBC Stará řeka, RBC Žofinka) 
  • obnova rašelinných tůněk na rašeliništi v RBC Žofinka, RBC Příbrazské blato a RBC Široké blato 
  • pravidelná údržba lučních stanovišť (NRBC Stará řeka, RBC Záblatské louky) 
  • postupná nadstandardní údržba dřevin (zdravotně-bezpečnostní ořezy) hrázových porostů a dalších porostů a solitérů v biocentrech a biokoridorech např. podpora starých dřevin v LBC Branské doubí).