Toky

Přirozenou osou území je řeka Lužnice. Pramení v  Rakousku, do  ČR vtéká nedaleko Českých Velenic, CHKO Třeboňsko protéká v  délce 75 km a  odvodňuje podstatnou část Třeboňské pánve. V  horní části až  po  rybník Rožmberk bohatě meandruje, je zde přes 500 starých slepých ramen a  trvale zvodnělých tůní. Právě voda z  řeky Lužnice napájí pomocí Zlaté stoky čerstvou vodou většinu rybníků v  okolí Třeboně.
Dalším relativně větším tokem je řeka Nežárka, vznikající soutokem Žirovnice a  Kamenice. Kaňonovitým údolím se prořezává z  východu do  Třeboňské pánve a  v  délce 34 km protéká severovýchodní částí CHKO až k  soutoku s  Lužnicí. Významnějšími přítoky Lužnice jsou Dračice a  Koštěnický potok. Oba pramení nedaleko od  sebe pod  Vysokým kamenem v  Novobystřické vrchovině. 
Vedle těchto přirozených toků je pro  Třeboňsko charakteristická nesmírně složitá síť umělých stok a  kanálů. Slouží k  vypouštění a  napájení rybníků, které jsou charakteristickým krajinným fenoménem oblasti a  základem tradičního třeboňského rybářství. Nejznámější umělé kanály jsou Nová řeka (13,5 km) a  Zlatá stoka (47 km). 

Rybníky

Horní a  střední Lužnice byla díky nepříznivým přírodním podmínkám stranou zemědělské kolonizace.
Močálovitou neobydlenou krajinu protínaly po  tisíciletí jen nečetné obchodní stezky spojující hustěji zalidněné oblasti. Na  jedné ze  stezek vzniklo ve  13. století i  město Třeboň. První zásadnější změnu ve  využívání krajiny znamenal až  rozvoj výstavby rybníků v  Čechách.  Sláva rybníkářství začínala nenápadně - stavbou krátkých umělých kanálů, mlýnských náhonů, hrází a  vody zadržené v  mělkých nádržích („stavech“), do  kterých později přenášeli ryby.  Tak byly položeny základy chovu sladkovodních ryb, postního jídla klášterů a  církevních kolonizátorů, později i  světské vrchnosti. V  okolí Třeboně byly nejstarší rybníky zakládány v  době Karla IV. (Bošilecký v  roce 1355, Dvořiště v  roce 1367). V  roce 1450 existovalo na  Třeboňsku přibližně 20 rybníků o  výměře 700 ha. Největšího rozmachu však dosáhla výstavba rybníků v  16. století. Toto období je spojené s  osobností Štěpánka Netolického, který ve  službách majitelů třeboňského panství Rožmberků vložil jako první do  budování třeboňské rybniční soustavy systém. V  roce 1520 dokončil stavbu Zlaté stoky, umělého kanálu, který přivedl vodu z  Lužnice  pro  budoucí rozlehlou rybniční soustavu. Sám pak stihl ještě vybudovat některé významné rybníky (Horusický, Káňov a  Opatovický) a  obnovit a  zvětšit stávající (Velký Tisý a  Záblatský).
Současníkem a  pokračovatelem Štěpánka byl Mikuláš Ruthard z  Malešova, který ve  službách majitelů chlumeckého panství Krajířů z  Krajku založil a  vybudoval soustavu rybníků v  okolí Lutové a  Chlumu u  Třeboně.  Nejznámější rybníkář Jakub Krčín z  Jelčan a  Sedlčan převzal už  dobře a  účelně uspořádané rybniční hospodářství, aby je řídil a  rozšiřoval ve  službách Rožmberků až do  roku 1590. K  jeho nejznámějším dílům patří rybníky Svět a  Rožmberk a  Nová řeka, která odvádí povodňové vlny na  Lužnici do  povodí Nežárky a  chrání tak rožmberskou hráz.  Neméně zajímavé bylo zakládání rybníků v  povodí Nežárky. Reliéf byl méně příhodný a  nevznikla zde žádná rekordní díla. Snad proto jsou jména  Štěpán a  Jiřík Vratislavové, Florián Pravětický, Jan Pušperský, Jan Zelenda téměř neznámá. Menší rybníčky v  rozsáhlém lesním komplexu mají ovšem svůj osobitý půvab. Rybníkářství se na  rašelinných a  písčitých půdách Třeboňska stalo výnosným způsobem zkulturňování krajiny a  díky nevhodným podmínkám pro  zemědělství zde neproběhlo masové rušení rybníků, které v  17. a  18. století postihlo ostatní rybníkářské oblasti Čech. Dodnes se dochovaly rybniční soustavy v podobě, v  jaké existovaly již na  přelomu 16. a  17. století. Rybníky dnes pokrývají více než 10% plochy CHKO/BR a  tvoří zde celkem 16 vodohospodářských soustav spádovaných z  převážné většiny do  povodí Lužnice a  Nežárky.  Ze 465 rybníků na  území CHKO je největší Rožmberk o  rozloze 658 ha (vodní plocha 489 ha). Další významné rybníky jsou Horusický, Záblatský, Svět, Opatovický, Velký Tisý, Hejtman, Staňkovský. Rybníky tvoří 16 rybničních soustav (např. Nadějská, Chlumecká) a zabírají celkem 7484 ha.