Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.

Současnost.

Významným předělem pro lesní hospodářství byl rok 1989, který znamenal nejen postupné navracení lesů soukromým majitelům, spojené často s  intenzivnější a  nevhodnou činností v  řadě lesních porostů, ale především viditelnou změnu hospodaření ve  státních lesích. To se projevilo nejen zmenšujícím se objemem výše těžeb, ale též tlakem na  jemnější formy hospodaření včetně důrazu na  přirozené zmlazení, vhodnější volbou dřevin odpovídajících stanovišti, zmenšováním škod snižováním počtu spárkaté zvěře atd.  Stavy zvěře (a  související škody), jsou úzce spjaty s  mysliveckým hospodařením, které je v  oblasti v  CHKO Třeboňsko provozováno od  středověku. Současný stav zvěře určuje především dominance černé zvěře (prase divoké), která v  minulosti nebyla ani zdaleka tak početná a  v  19. století byla na  Třeboňsku téměř vyhubena. Její vliv na  les a  lesní ekosystémy je spíše pozitivní, neboť způsobem vyhledávání potravy (rytím) připravuje půdu pro snazší přirozenou obnovu dřevin. Její vliv na  výskyt drobné zvěře a  dalších drobných živočichů je ale vzhledem k  všežravosti velice negativní. Vedle mimořádně vysokých stavů černé zvěře jsou oproti historické době mnohonásobně vyšší i  početní stavy srnčí a  daňčí zvěře. Okusovač (srnec) významněji zasahuje do  synuzie dřevin, stejně jako potravní oportunisté (jelen, daněk), jejichž souhrnné počty rovněž přesahují historický normál. V  hodnocení stavů zvěře je nutné vzít v  úvahu neexistenci přirozených predátorů (medvěd, vlk) nebo jejich omezený vliv (rys) a  suplující roli, kterou v  regulaci stavů zvěře zastává člověk. Je evidentní, že ochrana, případně rekonstrukce přirozené skladby není ani v  nejpřísněji chráněných oblastech CHKO beze zbytku možná bez spolupráce jak s  lesním hospodářem (výsadba dřevin přirozené skladby), tak i  s  mysliveckým hospodářem (redukce zvěře ve  prospěch zmlazení dřevin). Dlouhodobým cílem v  lesích Třeboňska by mělo být postupné zvyšování podílu jedle a  listnáčů, hlavně dubu a  buku, a  to  především na  úkor borovice, smrku a  nepůvodních druhů jehličnanů a  listnáčů, a  všeobecné zvyšování pestřejší druhové skladby lesních porostů. Z  jehličnatých dřevin (celkové zastoupení 88 %) převládá borovice lesní (55 %) a  smrk ztepilý (31 %), listnáče (celkem 12 %) jsou zastoupeny především dubem letním (4 %), břízou bradavičnatou (3 %), bukem lesním (2 %) a  olší lepkavou (1 %). Jen řídce jsou rozšířeny geograficky nepůvodní dřeviny (modřín, douglaska, vejmutovka, dub červený, akát aj.), jejichž zastoupení celkem nepřesahuje 1 %.