Jak těžba surovin ovlivňuje přírodu Třeboňska závisí především na jejím rozsahu a intenzitě. Například tradiční těžba rašeliny borkováním umožňovala přežívání vzácných typů společenstev, např. světlomilných druhů, které hojně rostly v rašelinných mokřadech v poledových dobách před zapojením lesa. Zcela opačný efekt má velkovýrobní těžba rašeliny, dochází k výraznému zhoršení vodní bilance a znehodnocení rozsáhlého území. Proto je průmyslová těžba rašeliny v současnosti utlumována. Využití rašeliny jako přírodního léčivého zdroje pro místní lázeňství (Třeboň) je neomezeno, těžba pro tento účel je velmi malá a navíc rašelina může být po použití regenerována.  
Také těžba písku měla zcela obdobným způsobem svůj příznivý i nepříznivý vliv. Zachované malé pískovníčky s tůněmi se často staly samovolně velmi zajímavými biotopy.  S velkýmí těžebnami je to poněkud složitejší. V době vrcholu těžby štěrkopísků v 80. letech (výstavba jaderné elektrárny Temelín a panelových sídlišť), byla z krajiny doslova vymazána řada přírodních detailů a způsob rekultivací vytěžených jam spíše pokračoval v degradaci území. Při těžbě "na sucho" rekultivace směřovala obvykle k původním kulturám (les, orná půda). Na většině míst ovšem vznikla hluboká bezodtoká jezera. Ta sice velmi rychle díky regenerační schopnosti krajiny získávají přírodní charakter, ale znamenají zvýšené riziko pro ochranu kvality podzemních vod. Také divoká rekreace v jejich okolí přínáší řadu negativ (znečištění, hluk, odpady, dopravní problémy…)  
V posledních letech se státní ochraně přírody naštěstí daří ve spolupráci s těžaři prosazovat přírodě bližší způsoby rekultivace vytěžených pískoven i rašelinišť.  Využívá se přirozená sukcese, cíleně se vytváří náhradní stanoviště pro ohrožené druhy flóry a fauny, zvyšuje se pestrost prostředí. Těžba poklesla na přijatelné hodnoty a představuje zhruba 30% dřívějších maxim. Původní záměry na těžby v nejcennějších částech Třeboňska byly zrušeny.  Západní část území je od r. 1982 součástí Chráněné oblasti přirozené akumulace vod (CHOPAV) Třeboňská pánev vyhlášené za účelem ochrany bohatství podzemních vod. Tzv. Horusická linie je v současnosti místem nejvýznamnějších odběrů podzemních vod.  Její infiltrační zóny jsou chráněny vyhlášením pásem hygienické ochrany. Vodárenské využití existuje nebo je plánováno rovněž u několika jezer po těžbě štěrkopísku.