Velké pestrosti biotopů Třeboňska odpovídá i bohaté druhové složení fauny.

Tato diverzita se projevuje především v zastoupení společenstev bezobratlých živočichů, kteří jsou v daleko větší míře vázáni na určité mikroklima, vegetační a půdní podmínky než obratlovci. V případě obratlovců, hlavně jejich zoogeograficky významných a ohrožených druhů, se na Třeboňsku uplatňuje především přítomnost různých typů mokřadů, na které jsou nejcennější druhy oblasti vázány, a přítomnost rozsáhlých lesních komplexů.