Průměrná roční teplota je zde vyšší než by odpovídalo nadmořské výšce, je zde delší i skutečná délka slunečního svitu. Z hlediska klimatické rajonizace patří většina území Třeboňska do oblasti mírně teplé, mírně vlhké s mírnou zimou. Průměrná roční teplota ve střední části území (Třeboň) je 7,8 °C, s nejchladnějším lednem –2,8 °C a nejteplejším červencem 18 °C, průměrná teplota vegetačního období duben až září je 14 °C. Průměrné roční srážky dosahují 570 mm. Nejvíce srážek spadne v červenci, v období letních bouřek: 94 mm. Nejnižší dlouhodobý srážkový úhrn byl zaznamenán v lednu, kdy spadne jen 30 mm srážek. Sněhová pokrývka, která je v dlouhodobém průměru 20 cm vysoká, obvykle leží 50 až 60 dnů. Průměrné datum prvního a posledního dne se sněhovou pokrývkou je 11. listopad a 21. březen. Hloubka promrzání půdy kolísá u suchých substrátů mezi 30 až 60 cm, u vlhkých mezi 0 až 20 cm. Průměrné trvání slunečního svitu je okolo 1750 hodin ročně, s maximem v červnu: 240 hodin, dnů bez slunečního svitu je 86. Relativní vlhkost vzduchu je v celé pánvi vlivem velkého množství otevřených vodních ploch značně vysoká a jen v letních měsících hodnoty denních průměrů klesají pod 75 %. Pro Třeboňskou pánev je charakteristický častý výskyt inverzních situací s bezvětřím, kdy dochází zejména v chladnější části roku k delším obdobím se stagnací vzdušných mas a častému výskytu mlh.