Průměrná roční teplota je zde vyšší než by odpovídalo nadmořské výšce, je zde delší i skutečná délka slunečního svitu. Z  hlediska klimatické rajonizace patří většina území Třeboňska do oblasti mírně teplé, mírně vlhké s  mírnou zimou. Průměrná roční teplota ve  střední části území (Třeboň) je 7,8 °C, s  nejchladnějším lednem –2,8 °C a  nejteplejším červencem 18 °C, průměrná teplota vegetačního období duben až  září je 14 °C. Průměrné roční srážky dosahují 570 mm. Nejvíce srážek spadne v  červenci, v  období letních bouřek: 94 mm. Nejnižší dlouhodobý srážkový úhrn byl zaznamenán v  lednu, kdy spadne jen 30 mm srážek. Sněhová pokrývka, která je v  dlouhodobém průměru 20 cm vysoká, obvykle leží 50 až 60 dnů. Průměrné datum prvního a posledního dne se sněhovou pokrývkou je 11. listopad a  21. březen. Hloubka promrzání půdy kolísá u  suchých substrátů mezi 30 až  60 cm, u  vlhkých mezi 0  až  20 cm. Průměrné trvání slunečního svitu je okolo 1750 hodin ročně, s  maximem v  červnu: 240 hodin, dnů bez slunečního svitu je 86. Relativní vlhkost vzduchu je v  celé pánvi vlivem velkého množství otevřených vodních ploch značně vysoká a  jen v  letních měsících hodnoty denních průměrů klesají pod 75 %. Pro Třeboňskou pánev je charakteristický častý výskyt inverzních situací s  bezvětřím, kdy dochází zejména v  chladnější části roku k  delším obdobím se stagnací vzdušných mas a  častému výskytu mlh.