Zonace je identická se zónováním biosférické rezervace Třeboňsko (core area, buffer zone, transition zone) a  respektuje specifický charakter Třeboňska jako krajiny člověkem přeměněné a  poměrně silně hospodářsky využívané.

 

I. zóna CHKO Třeboňsko

Do první zóny jsou zařazena vybraná maloplošná zvláště chráněná území, jejich ochranná pásma a některá další přírodně mimořádně hodnotná území, která dohromady tvoří kostru reprezentující a zajišťující ochranu všech typických biotopů Třeboňska. První zóna má rozlohu 3749 ha, což je přibližně 5,36 % území a zahrnuje 10 oddělených oblastí. Jsou to Červené blato, Žofinka a Široké blato, které reprezentují přechodová rašeliniště, Horní Lužnice a Stará řeka, zahrnující původní úseky řek se zaplavovanými nivami, periodickými říčními tůněmi, zbytky lužních lesů a okolními mokřady, Velký Tisý a Rožmberk s druhotně vytvořenými bohatými litorálními společenstvy, Ruda s rašeliništěm ve výtopě rybníka a Horusická blata a Záblatské louky s posledními zbytky typických rašelinných a podmáčených jihočeských luk.

II. zóna CHKO Třeboňsko

Do druhé zóny jsou zařazena území s významnými přírodními hodnotami, která nejsou chráněna formou MZCHÚ nebo I. zóny. Zde jsou to větší rybniční soustavy, souvislé lesní komplexy s význačným podílem porostů přirozené druhové skladby, některé nivy vodních toků s břehovými porosty a cenné luční plochy. Rozloha II. zóny je cca 35 879 ha, což je přibližně 51,26 % plochy CHKO.

III. zóna CHKO Třeboňsko

Třetí zóna zahrnuje zbývající území CHKO, obvykle tvoří přechod mezi význačnými partiemi CHKO a okolní krajinou. Je sem zařazena převážná většina zemědělsky obhospodařovaných ploch, lidských sídel, důležitých komunikací a místa s těžbou nerostných surovin. Třetí zóna zaujímá plochu cca 30 372 ha, což je 43,38 % plochy CHKO.