Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.