Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité.

Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s různým obsahem minerálních živin a vlhkostí v půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a klimatu za zcela unikátní.