Na území CHKO Třeboňsko je vyhlášeno celkem 33 maloplošných zvláště chráněných území.

V kategorii národní přírodní rezervace na celkové ploše 2118 ha je vyhlášeno:
Červené blato, Stará a Nová řeka, Velký a Malý Tisý, Žofinka.

V kategorii národní přírodní památka na celkové ploše 78 ha je vyhlášena: Ruda, Vizír.

V kategorii přírodní rezervace na celkové ploše 1739 ha jsou vyhlášeny: Bukové kopce, Dračice, Horní Lužnice, Horusická blata, Krabonošská niva, Losí blato u Mirochova, Na Ivance, Olšina u Přeseky, Písečný přesyp u Vlkova, Rašeliniště Hovízna, Rašeliniště Pele, Rod, Ruda u Kojákovic, Rybníky u Vitmanova, Staré jezero, Široké blato, V Luhu, Výtopa Rožmberka, Záblatské louky.

V kategorii přírodní památka na celkové ploše 119 ha je vyhlášeno: Branské doubí, Hliníř, Kozí vršek, Kramářka, Lhota u Dynína, Pískovna u Dračice, Slepičí vršek, Soví les. Oddělení Správa CHKO Třeboňsko  vykonává státní správu a praktickou péči o přírodu a krajinu také v NPP Kaproun.

Podrobnější informace naleznete na externí stránce.