Na území CHKO Třeboňsko je vyhlášeno celkem 32 maloplošných zvláště chráněných území. 

V kategorii národní přírodní rezervace na celkové ploše 2118 ha je vyhlášeno:

Červené blato Stará a  Nová řeka Velký a  Malý Tisý Žofinka

V kategorii národní přírodní památka na celkové ploše 78 ha je vyhlášena:

 Ruda Vizír

V kategorii přírodní rezervace na  celkové ploše 1739 ha jsou vyhlášeny:

Bukové kopce  Dračice  Horní Lužnice  Horusická blata  Krabonošská niva

Losí blato u  Mirochova  Na Ivance  Olšina u Přeseky  Písečný přesyp u Vlkova

Rašeliniště Hovízna  Rašeliniště Pele   Rod  Ruda u Kojákovic

Rybníky u Vitmanova   Staré jezero  Široké blato  V Luhu

Výtopa Rožmberka   Záblatské louky

V kategorii přírodní památka je vyhlášeno:

Branské doubí  Hliníř  Kozí vršek  Kramářka  Pískovna u Dračice

Slepičí vršek   Soví les

Oddělení Správa CHKO Třeboňsko  vykonává státní správu a  praktickou péči o  přírodu a  krajinu také v  NPP Kaproun