Významné plochy v potenciálním vegetačním krytu zaujímá element jehličnatého lesa na submontánních blatkových rašeliništích (Pino rotundatae–Sphagnetum). Na sterilních lavicích štěrkopísků, odvodňovaných zaříznutým tokem Lužnice a Nežárky, se rozprostírají chudé borové lesy (Vaccinio vitis-idaeae-Quercetum), v přeplavovaných nivách lužní doubravy (Quercus robur–Padus avium) a mokřadní olšiny (Alnion glutinosae). Menšího rozsahu jsou bikové bučiny (Luzulo–Fagetum) na svazích Javořické vrchoviny. Největší část území však charakterizuje subelement středoevropského listnatého lesa suprakolinního výškového stupně na pseudoglejích s různými typy jedlových doubrav (Abieti–Quercetum).  Každá perioda lesního vývoje v poledové době zanechala své stopy. Zřetelný zásah člověka do přirozených porostů nastal asi před 900 lety. Ke změně druhové skladby dřevin přispělo ve středověku nejen žďáření pralesů pro vytváření pastvin, luk a polí, ale i odvodňování rašelinišť, výstavba rybníků a v jižní části rozvoj hutí na zpracování železa a skla. Změnu dovršil rozmach umělého zalesňování, které v různé intenzitě, při preferenci hospodářských jehličnatých dřevin, trvá dodnes. Poslední větší zbytky dubojedlových pralesů zanikly v polovině 19. století ve střední části území a dnes na jejich místech vlivem člověka převládají jehličnaté kulturní lesy. Jen na prosluněných okrajích původních borů, zpravidla na hranách říčních teras, ještě roste čilimník řezenský (Chamaecytisus ratisbonensis), ostřice vřesovištní (Carex ericetorum), černýš český (Melampyrum bohemicum).