Významné plochy v  potenciálním vegetačním krytu zaujímá element jehličnatého lesa na  submontánních blatkových rašeliništích (Pino rotundatae–Sphagnetum). Na sterilních lavicích štěrkopísků, odvodňovaných zaříznutým tokem Lužnice a  Nežárky, se rozprostírají chudé borové lesy (Vaccinio vitis-idaeae-Quercetum), v  přeplavovaných nivách lužní doubravy (Quercus robur–Padus avium) a  mokřadní olšiny (Alnion glutinosae). Menšího rozsahu jsou bikové bučiny (Luzulo–Fagetum) na  svazích Javořické vrchoviny. Největší část území však charakterizuje subelement středoevropského listnatého lesa suprakolinního výškového stupně na  pseudoglejích s  různými typy jedlových doubrav (Abieti–Quercetum).  Každá perioda lesního vývoje v  poledové době zanechala své stopy. Zřetelný zásah člověka do  přirozených porostů nastal asi před 900 lety. Ke  změně druhové skladby dřevin přispělo ve  středověku nejen žďáření pralesů pro  vytváření pastvin, luk a  polí, ale i  odvodňování rašelinišť, výstavba rybníků a v  jižní části rozvoj hutí na  zpracování železa a  skla. Změnu dovršil rozmach umělého zalesňování, které v  různé intenzitě, při preferenci hospodářských jehličnatých dřevin, trvá dodnes. Poslední větší zbytky dubojedlových pralesů zanikly v  polovině 19.  století ve  střední části území a  dnes na  jejich místech vlivem člověka převládají jehličnaté kulturní lesy. Jen na  prosluněných okrajích původních borů, zpravidla na  hranách říčních teras, ještě roste čilimník řezenský (Chamaecytisus ratisbonensis), ostřice vřesovištní (Carex ericetorum), černýš český (Melampyrum bohemicum).

tvrdý luh, foto RNDr. Jan Ševčík
smišený luh, foto RNDr. Jan Ševčík
rašeliniště Losí blato, foto RNDr. Jan Ševčík
PR Bukové kopce, foto RNDr. Jan Ševčík
PR V Luhu, foto RNDr. Jan Ševčík
lužní les v NPR Velký a Malý Tisý, foto RNDr. Jan Ševčík
korálovec ježaty, foto Ing. Jiří Neudert
hřib přívěskatý, foto  Jiří Neudert
dubina, foto Jiří Neudert
rojovník bahenní v NPR Červené blato