Významné plochy v  potenciálním vegetačním krytu zaujímá element jehličnatého lesa na  submontánních blatkových rašeliništích. Na sterilních lavicích štěrkopísků, odvodňovaných zaříznutým tokem Lužnice a  Nežárky, se rozprostírají chudé borové lesy, v  přeplavovaných nivách lužní doubravy a  mokřadní olšiny. Menšího rozsahu jsou bikové bučiny na  svazích Javořické vrchoviny. Největší část území však charakterizuje subelement středoevropského listnatého lesa suprakolinního výškového stupně na  pseudoglejích s  různými typy jedlových doubrav. Každá perioda lesního vývoje v  poledové době zanechala své stopy. Zřetelný zásah člověka do  přirozených porostů nastal asi před 900 lety. Ke  změně druhové skladby dřevin přispělo ve  středověku nejen žďáření pralesů pro  vytváření pastvin, luk a  polí, ale i  odvodňování rašelinišť, výstavba rybníků a v  jižní části rozvoj hutí na  zpracování železa a  skla. Změnu dovršil rozmach umělého zalesňování, které v  různé intenzitě, při preferenci hospodářských jehličnatých dřevin, trvá dodnes. Poslední větší zbytky dubojedlových pralesů zanikly v  polovině 19.  století ve  střední části území a  dnes na  jejich místech vlivem člověka převládají jehličnaté kulturní lesy. Jen na  prosluněných okrajích původních borů, zpravidla na  hranách říčních teras, ještě roste čilimník řezenský, ostřice vřesovištní, černýš český.