Vývoj osídlení je těsně spjat s vývojem samotné krajiny na území CHKO Třeboňsko.

Od poslední doby ledové dodoba ledova konce raného středověku.

Chladné a  suché podnebí panující na  konci poslední doby ledové (cca 10 000 let př. n. l. ) vytvořilo krajinu téměř bezlesou, jen se  skupinami nízkých borovic, bříz a  keřových vrb podél vod. S postupným oteplováním a  zvlhčováním klimatu se  rozšířily světlé borové lesy s  břízou a  přibývalo rostlin kolem močálů a  jezer. V  období boreálu se  silně oteplilo a  celé Třeboňsko se  kromě rašelinišť pokrylo souvislými borovými lesy. Počaly se  objevovat listnáče – líska, dub, jilm, lípa, jasan, na  zamokřených místech olše a  také smrk. Nejrozsáhlejšího zalesnění dosáhlo Třeboňsko v  období atlantiku. Vysoké vodní srážky a  vyšší teplota podporovaly rozvoj listnatých lužních lesů podél Lužnice a  Nežárky.Jiné plochy Třeboňska byly pokryty smíšenými doubravami s  lípou, jilmy a  javory. Asi v  době 4 000 let př.n.l. se  rozšířil na  Třeboňsko buk a  později v  období subboreálu jedle. V  souvislosti s  prováděným paleobotanickým výzkumem bývalého jezera Švarcenberk v  okolí a  na  dně dnešního rybníka Švarcenberk u  Ponědrážky byly v  roce 1998 objeveny stopy (pazourkové jádro, několik drobných úštěpů a  dvě drásadla) pobytu mezolitického člověka na  břehu jezera zhruba v  době mezi 8 000 a  4 500 let př.n.l. Rozsáhlé mezolitické osídlení bylo nepřímo doloženo na  základě přítomnosti pylových zrn antropogenních indikátorů a  mikroskopických uhlíkových částic v  jezerních sedimentech datovaných do  raného holocénu. Silná nepřímá indikace dávala tušit přítomnost mimořádně hustého osídlení v  těsném okolí bývalého jezera, a  to minimálně od  samého začátku holocénu po  jeho střední část. Navazující archeologický průzkum, provedený v  roce 2000 a  zejména pak v  letech 2005 a 2006, přinesl hojné nálezy štípané kamenné industrie datovatelné rámcově do  pozdního paleolitu a  především do  mezolitu. Jinak je Třeboňsko považováno v  souvislosti s  pravěkým vývojem za  periferní oblast, známá je dále pouze neolitická lužnická vodní cesta, která je doložena drobnými nálezy. Neporušené pralesy vytrvaly až  do  období první slovanské kolonizace, avšak vzhledem k  menší intenzitě archeologického výzkumu nejsou z  období přelomu letopočtu a  následných brzkých staletí z  území Třeboňska známy průkazné slovanské nálezy, představující nejstarší zemědělskou kolonizaci. Pozdější drobné solitérní osídlení na  Třeboňsku v  podobě mohyl např. na  Dračici či nálezy na  Lužnici však postrádá hradištní centrum. Stejně tak období raného středověku nelze opět na  Třeboňsku doložit.