Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.

Vliv člověka.

Původní lesy pokrývající téměř celou oblast Třeboňska byly během dlouhodobé lidské činnosti redukovány na  dnešní necelou polovinu území CHKO. Tyto plošné změny však nelze považovat za zcela negativní, protože s  úbytkem lesních společenstev vznikala nová, často vysoce cenná prostředí, díky kterým patří Třeboňsko v  rámci naší republiky k  ojedinělým oblastem s  vysokou diverzitou prostředí.  Kromě zmenšováním lesní plochy se výběrem lesních dřevin pro  stavební účely (obytné domy, hradiště, stavby rybničních hrází) měnilo i  druhové složení lesa. Od 14. století (období Rožmberků) spotřeba dřeva i  jeho cena postupně stoupaly. K  potřebě vladaře Viléma z  Rožmberka se dříví plavilo po Lužnici a  Vltavě až do Prahy. Ještě s  nástupem Schwarzenbergů v  druhé polovině 17. století byly lesy dále mýceny a  půda se měnila na  pole a  louky. V  lesích se povolovalo pasení dobytka, zejména vepřů. Dříví se pálilo na  popel, který se  prodával k  výrobě potaše pro vzmáhající se sklářské hutě a ve  třicetileté válce též k  výrobě střelného prachu. Koncem 17. století nastal obrat. Byla nezbytná obnova lesa. Zakládáním lesních školek a  zalesňováním hospodářsky žádanými monokulturami smrků a  borovic se rozsah lesní plochy podařilo udržet. Druhová změna, holosečné hospodaření a  hrabání steliva oslabilo půdní úrodnost a  podpořilo vývoj kyselého humusu, který měl škodlivé následky pro lesní produkci. Degradovanou lesní půdu obsazovaly postupně nekvalitní suché bory. Z  původních smíšených lesů Třeboňska se zachovaly jen nepatrné zbytky a  jsou chráněny v několika maloplošných chráněných územích. V  rámci střední Evropy jsou zcela unikátní rozsáhlé rašelinné lesy tvořené borovicí blatkou (Pinus rotundata), borovicí lesní a  jejich křížencem borovicí podvojnou (Pinus x digenea). Pozoruhodný je také výskyt dubu letního, který je rozšířen nejen v  části lesních porostů, ale též v  zaplavovaných nivních územích Jeho  vysazením na  desítkách kilometrů hrází rybníků a  vodních kanálů vznikl nový cenný biotop, který zvýšil pestrost prostředí.