Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.

Blízká minulost.

V  období vzniku CHKO Třeboňsko docházelo na  území celé České republiky k  výraznému imisnímu zatížení řady lesních porostů a  díky působení dalších kalamit nebyla prognóza vývoje lesů nijak optimistická, a to  ani v  lesních porostech Třeboňské pánve. Na  základě pravidelného vyhodnocování stavu lesních porostů lze však dnes konstatovat, že zdravotní stav se jeví jako víceméně vyrovnaný a  po  dobu existence CHKO Třeboňsko nedošlo k  celkovému zhoršení stavu lesních porostů. V  posledních dvou desetiletích však byly zaznamenány lokální úhyny lesních porostů i  jednotlivých stromů, způsobené řadou faktorů. V  80.  a 90.  letech došlo v  několika rezervacích k  různě rozsáhlému úhynu starších jedinců borovice blatky. Následkem odumírání se pomístně snížila hustota blatek a  zrychlil se proces zániku rašeliniště. Na  základě výsledků průzkumu lze konstatovat, že se jedná patrně o  dlouhodobý vliv nevhodných odvodňovacích prací v  minulosti v  kombinaci se současnými nepříznivými klimatickými a  dalšími jevy. V  současné době se hromadné hynutí v  podstatě zastavilo a  stále více dochází k  výrazné přirozené obnově blatkových porostů, které je podporováno i  různými zásahy Správy CHKO Třeboňsko (stabilizace vodního režimu přehrazením vybraných stok, postupná redukce nevhodných sukcesních stádií listnatých dřevin na  vybraných místech, výsadba borovice blatky místní provenience atp.). Obdobně optimisticky lze spatřovat vývoj olšových porostů, jejichž stav se v  posledních letech opět začal výrazně zlepšovat. Olšové porosty dnes na  řadě míst tvoří lesnicky nebo ochranářsky významné lokality s  perspektivou zdárného vývoje. Zvláště v  70.  letech proběhla i  na  Třeboňsku houbové grafióza jilmů, které způsobilo téměř úplné vymizení této dřeviny z  krajiny. V  80.  a  90.  letech 20.  století se postupně na  celém území Třeboňska začalo zvláště v  dubových porostech, hlavně u  stromů středního a  vyššího stáří, projevovat charakteristické hromadné hynutí listové zeleně (usychání stromů s  tracheomykózními příznaky). Koncem 90.  let sice došlo ke  zpomalení tohoto procesu, lze však předpokládat, že v  nejbližší době se zdravotní stav porostů výrazně nezlepší. Toto všechno zdůrazňuje nutnost věnovat maximální úsilí ochraně a  zachování jedinečného fenoménu hrázových porostů. I  když otázka zjištění příčin úhynu i  způsobu úspěšné ochrany není ještě naprosto uspokojivě dořešena, jsou v  současné době známa opatření, která vedou ke  snižování tohoto nepříznivého trendu. Také nelesní zeleň prodělala řadu změn, v  posledním století však - na  rozdíl od  lesních porostů - spíše plošných. Zatímco ještě např. na  přelomu 19.  a  20.  století byla rozptýlená zeleň velmi silně zredukována, pak v  polovině 20.  století došlo k  jejímu výraznému nárůstu, a  to díky přechodu ke  státnímu vlastnictví i ke  změnám technologií. Po  dobu existence CHKO se plošné a  druhové zastoupení rozptýlené zeleně příliš nemění - na  řadě lokalit dochází k  její postupné redukci.  Dnešní skladba třeboňských lesů za  poslední dvě století tedy získala nový charakter rozsáhlých lesních ploch, místy hospodářsky vysoce výnosných. Hospodářsky velmi ceněná je „třeboňská borovice“ (Pinus sylvestris var. bohemica), která je považována za  nejkvalitnější původní ekotyp borovice lesní v  celé Evropě. Vzhledem k  hospodářskému významu (rovný a  plnodřevný kmen o  délce až  42 m, větvení jen na  vrcholu, vydatná produkce nesmolnatého dřeva) je tento ekotyp Lesy ČR, s.  p.  důsledně evidován a  zajištěna jeho ochrana a  kontinuita jeho pěstování.