Lesy v CHKO Třeboňsko jsou překvapivě rozmanité. Na mírně zvlněné rovině se vedle sebe střídají značně rozdílná, většinou ostře vyhraněná stanoviště s  různým obsahem minerálních živin a  vlhkostí v  půdě. To ovlivnuje druhovou pestrost vegetace. Některé typy porostů mohou být považovány díky zvláštním poměrům reliéfu, půdy a  klimatu za zcela unikátní.

Nelesní zeleň.

Také nelesní zeleň prodělala řadu změn, v  posledním století však – na  rozdíl od  lesních porostů – spíše plošných. Zatímco ještě např. na  přelomu 19. a 20. století byla rozptýlená zeleň velmi silně zredukována, pak v  polovině 20. století došlo k  jejímu výraznému nárůstu, a to díky přechodu ke  státnímu vlastnictví i  ke  změnám technologií. Po dobu existence CHKO se plošné a  druhové zastoupení rozptýlené zeleně příliš nemění – na  řadě lokalit dochází k  její postupné redukci, některá další místa naopak postupně dále zarůstají, a  to  hlavně břízou, osikou a  vrbami, nebo jsou zde dřeviny cíleně vysazovány.  Jedním z  nejvýznamnějších krajinných fenoménů Třeboňska jsou hráze rybníků s  porosty dřevin. Hrázové porosty jsou tvořeny pestrou směsicí dřevin (např. lípou, olší, břízou, osikou). Nejvýznamnější dřevinou je však dub letní, jehož početnost lze odhadnout na  minimálně několik desítek tisíc vzrostlých jedinců. Dubů z  15. a 16. století se dnes zachovala jen nepatrná část. Většina dubů rostoucích dnes na  hrázích rybníků dosahuje věku okolo cca 80–180 let a  velmi citelný je nedostatek mladších věkových kategorií. V  posledních letech je věnována hrázovým porostům zvýšená pozornost. Provádí se intenzívní výzkum a  na  základě jeho výsledků je na  vybraných rybnících prováděna údržba (ošetření a  zachování vybraných stromů a  torz, likvidace nevhodných a  upřednostňování perspektivních jedinců, výsadby nových stromů atp.)