Vývoj osídlení je těsně spjat s vývojem samotné krajiny na území CHKO Třeboňsko.

Novověk (18.–19. stol.).

V  průběhu celého 18. století se do  výrazu venkovského prostoru a  krajinného obrazu promítají nejen stavební počiny šlechty, ale především církve. Ta budovala nové kostely a  fary, přestavovala středověké kostely na  barokní. Nově byly také vystavěny státní a  císařské silnice, které přinesly finanční zisk zejména poddaným, neboť při cestách vznikly přepřažní stanice a  hospody. Silnice byly lemovány alejemi a  směrovány na  krajinné dominanty kostelů. Vesnice byly obohaceny o  další nové stavební typy, jakými jsou panské a  především kontribuční sýpky, pazdery, mlýny, ovčíny a  sušárny ovoce. Obce se na  svých okrajích rozšířily o  domkářské kolonie a  nové skupiny zástavby, které se mnohdy neorganizovaně objevují nejen po  obvodu historického centra obce, ale především podél výjezdních komunikací. Obraz venkovského sídla byl v  průběhu 18. a  prvních tří čtvrtin 19. století ještě dokomponován návesními kapličkami‚ kovárnami a  zemědělskými usedlostmi samými s  jejich zděným ohrazením. Přechod na  zděnou architekturu v  18. a  19. století byl z  významné části dán císařskými nařízeními (vznik požárních řádů, které stavění ze  dřeva zakázaly a  nadále tolerovaly jen v  lokalitách, kde potřebné stavební materiály byly těžko dostupné a  tudíž oproti dřevu drahé – např. na  horách). Stavební konstrukce byly složitější a  náročně modelovaná průčelí si vyžádala přítomnost zednických mistrů a  štukatérů. Statky bohatých sedláků se začaly výrazně odlišovat nejen svojí hmotou, ale především bohatostí štukové výzdoby na  fasádě. Architektonické pojetí staveb vychází z  barokních a  klasicistních principů. Základním kompozičním principem obrazu vesnického prostoru Třeboňska je dvouštítové průčelí propojené ohradní zdí, která oba štíty sjednocuje do jednoho výtvarného prvku. Ohradní zeď je po  straně domu nebo  uprostřed prolomena vjezdovou bránou ve  formě půlkruhového oblouku, segmentu, nebo s  rovným překladem či s  vystouplými bloky bran v  návaznosti na  době vzniku statku. K  utváření malebného třeboňského obrazu přispěly v  období baroka i  krajinné kompozice, zejména pak zámecký areál Jemčina včetně obory pro pořádání parforsních honů. Další výrazná barokní kompozice vznikla v  Chlumu u  Třeboně, kde kompoziční osa kostela Nanebevzetí Panny Marie s  galerií deseti soch na  dvouproudovém schodišti a  křížovou cestou je prodloužena hrází rybníka Hejtman, na  kterou příčně navazuje zámek se  zámeckým parkem. Významnou barokní dominantou CHKO Třeboňsko je také inundační most s  pěti oblouky přes rybník Vítek, který v  další prostorové vazbě navazuje na  most s  dvanácti oblouky, postavený v  témže časovém období přes Starou řeku nad  jejím ústím do  rybníka Rožmberk. Z  romantických kompozic konce 19. století lze zmínit úpravy zámeckého parku v  Třeboni a  parku v  okolí Schwarzenberské hrobky.

Výčet sídel podle 1. písemné zmínky:
18. stol. – Žofina Huť (pol. 18 stol.), Kunšach (1754, sídlo zaniklo v  souvislosti se železnou oponou), Hranice (cca 1788), Františkov (cca 1790), Trpnouze (1788–1791), Nová Ves u  Klikova (1791, sídlo zaniklo v  souvislosti se železnou oponou).
19. stol. – Nová Hlína (1827, v  císařském otisku stabilního katastru z  téhož roku je již zhruba 15 usedlostí).
Od druhé poloviny 19. století se podoba osídlení začala opětovně proměňovat, jednalo se o  industriální období a  zrušení feudálního uspořádání společnosti. Těžiště urbanistického rozvoje se přesunulo do  měst, která zaznamenala velký rozvoj a  rozšiřování zastavěných a  zastavitelných ploch.