Na území CHKO Třeboňsko je vyhlášeno celkem 33 maloplošných zvláště chráněných území. 

V kategorii národní přírodní rezervace na celkové ploše 2118 ha je vyhlášeno:
Červené blato, Stará a  Nová řeka, Velký a  Malý Tisý, Žofinka.

V kategorii národní přírodní památka na celkové ploše 78 ha je vyhlášena: Ruda, Vizír.

V kategorii přírodní rezervace na  celkové ploše 1739 ha jsou vyhlášeny: Bukové kopce, Dračice, Horní Lužnice, Horusická blata, Krabonošská niva, Losí blato u  Mirochova, Na  Ivance, Olšina u  Přeseky, Písečný přesyp u Vlkova, Rašeliniště Hovízna, Rašeliniště Pele, Rod, Ruda u  Kojákovic, Rybníky u  Vitmanova, Staré jezero, Široké blato, V  Luhu, Výtopa Rožmberka, Záblatské louky.

V kategorii přírodní památka na  celkové ploše 119 ha je vyhlášeno: Branské doubí, Hliníř, Kozí vršek, Kramářka, Lhota u  Dynína, Pískovna u  Dračice, Slepičí vršek, Soví les. Oddělení Správa CHKO Třeboňsko  vykonává státní správu a  praktickou péči o  přírodu a  krajinu také v  NPP Kaproun.

Podrobnější informace naleznete na  externí stránce.