K bližšímu určení způsobu ochrany přírody byly v CHKO Blaník vymezeny 4 zóny odstupňované ochrany přírody; první zóna má nejpřísnější režim ochrany. Zonace CHKO Blaník byla schválena MŽP ČR v roce 1995.

I. zóna

Zahrnuje přírodní rezervace Podlesí, Velký Blaník, Malý Blaník, přírodní památky Louňov, Částrovické rybníky a přechodně chráněnou plochu Křížovský lom, dále území zachovalejších vodních toků a jejich niv např. Blanice, Pravětického potoka, Strašického potoka, Částrovického potoka a lesy Roudného, Krasovické a Křížovské hůry a Loužku. Plochy, které nejsou zvláště chráněné, jsou buď místem výskytu zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů nebo byly zařazeny do územního systému ekologické stability jako regionální či lokální biocentrum či lokální biokoridor. I. zóna zaujímá rozlohu 8,7 km2.

II. zóna

Do II. zóny byly zahrnuty krajinářsky významné komplexy, plochy s významem půdoochranným a vodohospodářským, lesní komplexy (většinou s významně pozměněnou druhovou skladbou dřevin oproti přirozené), extenzivně využívané pastviny a louky. Některými plochami prochází regionální či lokální biokoridory územního systému ekologické stability. Nejrozsáhlejšími plochami II. zóny jsou lesy Krasovické hůry a Úlehle na severovýchodě, les Hříva na severozápadě, Roudný na jihovýchodě, okrajové části obou Blaníků a Býkovická hůra na jihu chráněné krajinné oblasti. II. zóna zaujímá rozlohu 11,2 km2.

III. zóna

Nelesní pozemky zařazené do III. zóny představuje většinou orná půda, často s rozptýlenými remízy, jednotlivými samotami a menšími osadami. Lesy ve III. zóně se nacházejí mimo souvislé lesní komplexy a jejich složení neodpovídá přirozené druhové skladbě, převážně jde o porosty obklopené zemědělskou půdou. III. zóna zaujímá rozlohu 18,1 km2.

IV. zóna

Byla vymezována výjimečně, protože velká sídla se na území CHKO Blaník nevyskytují. Tuto zónu tvoří pouze velké komplexy orné půdy u Libouně, Načeradce a Křížova. Rozloha IV. zóny je 2,2 km2.