V CHKO Třeboňsko se nacházejí dvě území zařazena na  seznam mokřadů mezinárodního významu.

Na  seznam mokřadů chráněných Ramsarskou konvencí  byly po  připojení naší republiky ke  konvenci v r. 1990 jako první zařazeny zaneseny Třeboňské rybníky a následně v r. 1993 i Třeboňské rašeliniště do  té  doby dočasně statut kandidáta.

Ramsarské území Třeboňské rybníky má  rozlohu 10 165 ha, z toho vlastní rybníky zaujímají 5 289 ha a  představují 70% rybníků na  Třeboňsku. Do mokřadů mezinárodního významu je zahrnuto celkem 159 rybníků s rozlohou od 1 do 420 ha a biotopy na  ně bezprostředně navazující. Jedná se  o mokřady v převážné většině vzniklé lidskou činností  - rybníky, mokré louky, olšiny, vrbiny, rákosiny, ostřicové louky, rašeliniště ve  výtopách rybníků. Území splňuje kritérium Ramsarské konvence svým významem pro  vodní ptáky nejen jako hnízdiště, ale především jako tahová zastávka.

Ramsarské území Třeboňské rašeliniště má  rozlohu 1 100 ha a  tvoří je území navzájem nesouvisejících přechodových rašelinišť porostlých převážně lesem. Centrum tří lokalit tvoří přirozené, místy až  pralesovité porosty borovice blatky s bohatým podrostem rojovníku bahenního. Důvodem zařazení území na  seznam Ramsarské konvence byla skutečnost, že  se jedná o unikátní ostrovní ekosystémy s výskytem mnoha chráněných a  ohrožených druhů rostlin a živočichů.