Toky - Třeboňsko
Vodstvo
Charakteristika oblasti
Vývoj krajiny
Horniny a geologický vývoj
Těžba surovin
Půdy
Vodstvo
Podnebí
Rostliny
Živočichové
Lesy
Přirozenou osou území je řeka Lužnice. Pramení v Rakousku, do ČR vtéká nedaleko Českých Velenic, CHKO Třeboňsko protéká v délce 75 km a odvodňuje podstatnou část Třeboňské pánve. V horní části až po rybník Rožmberk bohatě meandruje, je zde přes 500 starých slepých ramen a trvale zvodnělých tůní. Právě voda z řeky Lužnice napájí pomocí Zlaté stoky čerstvou vodou většinu rybníků v okolí Třeboně.
Dalším relativně větším tokem je řeka Nežárka, vznikající soutokem Žirovnice a Kamenice. Kaňonovitým údolím se prořezává z východu do Třeboňské pánve a v délce 34 km protéká severovýchodní částí CHKO až k soutoku s Lužnicí. Významnějšími přítoky Lužnice jsou Dračice a Koštěnický potok. Oba pramení nedaleko od sebe pod Vysokým kamenem v Novobystřické vrchovině.
Vedle těchto přirozených toků je pro Třeboňsko charakteristická nesmírně složitá síť umělých stok a kanálů. Slouží k vypouštění a napájení rybníků, které jsou charakteristickým krajinným fenoménem oblasti a základem tradičního třeboňského rybářství. Nejznámější umělé kanály jsou Nová řeka (13,5 km) a Zlatá stoka (47 km).