Nástrojem praktické péče o krajinu na území CHKO Třeboňsko jsou krajinotvorné programy Ministerstva životního prostředí.
Zejména jde o podporu opatření mající pozitivní přínosy z hlediska ochrany přírody a krajiny:
- zlepšování vodního režimu krajiny,
- obnova krajinných struktur a ekostabilizačních funkcí,
- k přírodě šetrného hospodaření
