Díky velké pestrosti biotopů, je možné na Třeboňsku zaznamenat druhy s různými nároky na prostředí. Byl zde prokázán výskyt téměř 290 druhů ptáků, z nichž nejméně 171 na Třeboňsku hnízdí. Velká koncentrace rybníků, vodních toků a močálů dělá z Třeboňska jednu z nejvýznamnějších lokalit vodních a mokřadních ptáků ve střední Evropě. Množství ptáků zdržujících se na hladinách rybníků v době migrací, především v podzimním období, dosahuje až 15 000 exemplářů.
