Díky velké pestrosti biotopů, je možné na Třeboňsku zaznamenat druhy s různými nároky na prostředí.  Byl zde prokázán výskyt téměř 290 druhů ptáků, z nichž nejméně 171 na Třeboňsku hnízdí. Velká koncentrace rybníků, vodních toků a močálů dělá z Třeboňska jednu z nejvýznamnějších lokalit vodních a mokřadních ptáků ve střední Evropě. Množství ptáků zdržujících se na hladinách rybníků v době migrací, především v podzimním období, dosahuje až 15 000 exemplářů.

Čáp bílý
Čáp bílý

Více informací
Čáp černý
Čáp černý

Více informací
Dlask tlustozobý
Dlask tlustozobý

Více informací
Dudek chocholatý
Dudek chocholatý

Více informací
Jeřáb popelavý
Jeřáb popelavý

Více informací
Kalous ušatý
Kalous ušatý

Více informací
Káně lesní
Káně lesní

Více informací
Kulík zlatý
Kulík zlatý

Více informací
Kulíšek nejmenší
Kulíšek nejmenší

Více informací
Kvakoš noční
Kvakoš noční

Více informací
Ledňáček říční
Ledňáček říční

Více informací
Morčák velký
Morčák velký

Více informací
Orel mořský
Orel mořský

Více informací
Poštolka obecná
Poštolka obecná

Více informací
Racek  chechtavý
Racek chechtavý

Více informací
Sokol stěhovavý
Sokol stěhovavý

Více informací
Sýc rousný
Sýc rousný

Více informací
Vlha pestrá
Vlha pestrá

Více informací
Vodouš kropenatý
Vodouš kropenatý

Více informací
Volavka bílá
Volavka bílá

Více informací